بیست سال پس از حمله ویرانگر بیگانگان در سال ۱۹۹۶، بشریت با استفاده از فناوریهای بیگانه، زمین را بازسازی و سیستم دفاعی قدرتمندی ایجاد کرده است. با این حال، یک بار دیگر، موجودات فضایی با نیرویی بسیار عظیمتر و پیشرفتهتر از قبل بازمیگردند. این بیگانگان با یک کشتی فضایی غولپیکر به زمین حمله میکنند و شهرهای بزرگ را نابود میکنند. نسل جدیدی از خلبانان شجاع و دانشمندان هوشمند باید در کنار بازماندگان نبرد قبلی، متحد شوند. آنها باید از تمام دانش و فناوری خود استفاده کنند تا در برابر این تهدید وجودی بایستند و یک بار دیگر، روز استقلال را برای بشریت نجات دهند. این فیلم اکشن و علمی-تخیلی، دنبالهای بر فیلم محبوب «روز استقلال» است.