تیم نخبهی «جی. آی. جو» که برای دفاع از صلح جهانی مبارزه میکند، مورد حمله قرار میگیرد و تنها تعداد کمی از اعضایش زنده میمانند. آنها به اشتباه متهم به خیانت میشوند و حال باید علاوه بر فرار از دست دشمنان، بیگناهی خود را اثبات کنند. این نیروهای ویژه با کمک «جوی کالتون»، نیروهای خود را بازسازی میکنند تا در برابر تهدیدی جهانی از سوی سازمان شرور «کبرا» ایستادگی کنند.