داستان این سری از انیمه درباره چگونگی شمشیرزن شدن کنشین است و اتفاقات کودکی کنشین تا قاتل شدن و عاشق شدنش را به تصویر میکشد...

آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...

در حالی که دنیا تحت حملات سنگین فرشته ها است، سازمان NERV دو خلبان جدید را معرفی می کند: ماکینامی ماری ایلوستروس و آسوکا لانگلی شیکینامی...