داستان برج خدا حول محور پسری به نام «بَم بیست و پنجم» جریان داره که بیشتر زندگیش رو درحالی که زیر یک برج بزرگ و مرموز زندانی بوده، به همراه دوست نزدیکش، «ریچیل»، گذرونده. وقتی ریچل وارد برج میشه، بَم هم موفق میشه که درش رو باز کنه و حین این که میخواد دوستش رو پیدا کنه، روی هر طبقه با چالش‌های جدیدی رو به رو میشه.