چندسال پس از اتفاقات قسمت اول ، جوناس تیلور که در حال مطالعه بر روی یک مگالودون جوان، که در اسارت نگهداری می شود،می باشد. سایر اعضای تیم های تحقیقاتی در گودال «ماریانا» جایی که مگالودون برای اولین بار در آن یافت شد،کاوش می کنند،در حین تحقیقات آنها موجودات ماقبل تاریخ دیگری به نام کرونوسوروس را کشف می کنند. این موجود خزنده دریایی بزرگی بود که برای شکار دسته جمعی تکامل یافته بود و در اعماق این گودال زندگی می کرد. اکنون جوناس در مواجهه با این موجود جدید علاوه بر مگالودون ها، باید با خطرات بسیار زیادی دست و پنجه نرم کند تا بتواند از مهلکه جان سالم به در ببرد...

مایکل هاردینگ (پن بدلی) از مدرسه نظامی به خانه برمی گردد تا مادرش سوزان (سلا وارد) را پیدا کند که با خوشحالی عاشق و با دوست پسر جدیدش دیوید (دیلان والش) زندگی می کند. وقتی دو مرد با یکدیگر آشنا می شوند، او بیشتر و بیشتر به مردی که همیشه برای کمک در آنجاست مشکوک می شود.

یک دختر دبیرستانی سال بالایی وقتی می‌فهمد که برخی دوستان خوشگل‌تر و تودل بروترش لقب داف (دوست چاق و زشت) را به او داده‌اند، دست به انقلاب طبقاتی اجتماعی می‌زند...

در دنیایی که با افراد تغییر یافته با بی اعتمادی و ترس برخورد میشود موسسه ای مخصوص تغییر یافته ها برای به دست آوردن صلح و زندگی مسالمت آمیز آنان با انسانها میجنگد…