داستان فیلم از سال ۱۹۹۰ شروع و در زمان حال به اتمام می‌رسد. و شامل سه فصل می‌شود: فصل اول «شکوفه‌ی گیلاس»، فصل دوم «فضا‌نورد» و فصل سوم «5 سانتی‌متر بر ثانیه» که مجموع این سه فصل دوران بزرگ شدن پسری به نام تاکاکی تونو را نشان می‌دهند و موضوع بیشتر پیرامون احساسات درونی، دغدغه‌ها و برخورد او و انسان‌های پیرامونش با محیط است...

تاکائو که یک دانش آموز درس خوان می باشد که دوست دارد طراح کفش ماهری شود. یک روز او تصمیم می گیرد که از مدرسه به باغ ژاپنی برود و در آنجا فکر کند و درباره آینده خود تصمیم گیری کند. در باغ زن مرموزی به نام یوکینو را می بیند و مجبور می شود وقتش را با او بگذراند...