داستان برج خدا حول محور پسری به نام «بَم بیست و پنجم» جریان داره که بیشتر زندگیش رو درحالی که زیر یک برج بزرگ و مرموز زندانی بوده، به همراه دوست نزدیکش، «ریچیل»، گذرونده. وقتی ریچل وارد برج میشه، بَم هم موفق میشه که درش رو باز کنه و حین این که میخواد دوستش رو پیدا کنه، روی هر طبقه با چالش‌های جدیدی رو به رو میشه.

هیتوری گوتو یک دختر دبیرستانی است که شروع به یادگیری نواختن گیتار می کند زیرا آرزوی حضور در یک گروه را دارد، اما آنقدر خجالتی است که حتی یک دوست پیدا نکرده است.