«توهم بهشتی» داستان دنیایی را روایت میکند که درآن 15 سال از فاجعه بی سابقه ای می گذرد که تمدن مدرن را به کلی نابود کرده است. گروهی از کودکان در مکانی جدا از دنیای بیرون زندگی می کنند. یک روز، یکی از آنها، دختری به نام Tokio، پیامی دریافت می کند که می گوید "می خواهی دنیای بیرون را ببینی؟" Mimihime، دختر دیگری که در همان مرکز زندگی می‌کند، پیش‌بینی می‌کند و به توکیو می‌گوید که دو نفر از بیرون برای نجات او می‌آیند که یکی از آنها چهره‌ای همانند Tokio دارد، در حالی که مدیر مدرسه به او می‌گوید که دنیای بیرونی شبیه جهنم است در همین حین، پسری به نام Maru که دقیقاً شبیه Tokio است، به همراه دختری به نام Kiruko در این ژاپن ویران شده در جستجوی بهشت هستند.

هاتاوی نوا که هنوز تحت تاثیر اقدامات گذشته خود قرار دارد، به یک سازمان تروریستی به نام مفتی می پیوندد و نام مستعار “مفتی نبی ارین” را برای خود بر می گزیند. مفتی در حال مبارزه با یک تروریسم علیه دولت فدراسیون زمین است که…