قرن بیست و سوم.خبرهای رسیده از مقر فرماندهی استارفلیت در سن فرانسیسکو، حاکی از هجوم نیروهای عظیم ابری شکلی به سوی زمین است. «فرمانده کرک» (شاتنر) فرماندهی سفینه ی قدیمی اینتر پرایز را برای مقابله با این هجوم به عهده می گیرد...

«فرمانده کرک» و خدمه اش برای نجات زمین از حمله بیگانگان، در زمان سفر کرده و به قرن بیستم می روند تا تنها موجوداتی که می توانند زمین را نجات دهند اما اکنون منقرض شده اند (گونه ای از وال ها) را با خود به زمان حال بیاورند...

تاریخ ستاره ای 92106. پس از سال ها جنگ سرد، «صدراعظم گورکن» (وارنر) به «فدراسیون» پیشنهاد صلح می دهد. اما او به قتل می رسد و «فرمانده کرک» (شاتنر) و «مکوی» (کلی) به خاطر این جنایت محاکمه و محکوم می شوند. حالا «آقای اسپاک» (نیموی) فرماندهی اینترپرایز را به عهده می گیرد و به دنبال مدارکی می گردد تا دست قاتلان واقعی را رو کند.