وقتی روزنامه نگار آوریل اونیل عصای باستانی با قدرت جادویی را کشف می کند، لاک پشت ها باید به ژاپن قرن هفدهم بازگردند تا او را از چنگال شیطانی لرد نوریناگا نجات دهند.

لاک‌پشت‌ها و خردکن‌ها یک بار دیگر به نبرد می‌پردازند، این بار برای آخرین قوطی تراوش که لاک‌پشت‌ها را ایجاد کرد، که با آن شردر می‌خواهد ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید را آزاد کند.