داستان برج خدا حول محور پسری به نام «بَم بیست و پنجم» جریان داره که بیشتر زندگیش رو درحالی که زیر یک برج بزرگ و مرموز زندانی بوده، به همراه دوست نزدیکش، «ریچیل»، گذرونده. وقتی ریچل وارد برج میشه، بَم هم موفق میشه که درش رو باز کنه و حین این که میخواد دوستش رو پیدا کنه، روی هر طبقه با چالش‌های جدیدی رو به رو میشه.

میناتو 19 ساله خجالتی و بی دست و پا، اما با اخلاق و دلسوز، پس از ناکامی در ورود مجدد به دانشگاه، با موسوبی، دختری هم سن و سال خود که او را با توانایی های فوق بشری خود شگفت زده می کند، برخورد می کند.

کازوما ساتو یه هیکیکوموری که عاشق بازی است به خاطر یک تصادف زندگی اش به پایان می رسد و...

یک دانش آموز نخبه و گوشه گیر در واقع به شدت گوشه گیر و نگران ارتباط با دیگران است. یک پسر مدرسه ای معمولی با او دوست می شود و به او کمک می کند تا حرفش را باز کند و با مردم صحبت کند.