«پدرخوانده هارلم» داستان واقعی رئیس جنایتکار بدنام بامپی جانسون را روایت می کند، که در اوایل دهه 1960 پس از ده سال زندان بازگشت تا محله ای را پیدا کند که زمانی ویران شده بود. با خیابان هایی که توسط اوباش ایتالیایی کنترل می شود، بامپی باید با خانواده جنایتکار ژنووس برای بازپس گیری کنترل محله به مقابله بپردازد.

این فیلم داستان مردی را روایت میکند که در روز تولد دخترش ربوده شده و به مدت 20 سال در یک اتاق حبس می شود و پس از فرار، به دنبال دلیل زندانی شدنش و انتقام از افرادی که در این کار دخیل بودند می گردد اما...