سرزمین دور افتاده احتیاج به یک پادشاه دارد و شرک باید یک نفر را برای پادشاهی پیدا کند و او شروع به جستجو تنها کسی می کند که می تواند پادشاه بشود، پسر عموی گمشده فیونا ،آرتی. در این هنگام پرنس دلربا برای انتقام به قلمرو پادشاهی بر میگردد و …

پنگوئن های باغ وحش مرکزی ماداگاسکار در شب کریسمس عازم یک ماجراجویی در شهر میشوند

پس از پر شدن باتلاقش از موجودات جادویی، یک غول موافقت می کند که یک شاهزاده خانم را نجات دهد و زمین خود را پس بگیرد.

والدین پرنسس فیونا، او و شرک را به صرف شام دعوت می کنند تا عروسی آن‌ها را جشن بگیرند، غافل از اینکه این زوج جوان، هر دو غول هستند.

چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آن‌ها خود را در ماداگاسکار می یابند.

پنگوئن های ماداگاسکار مثل قبل ماموریتی را در پیش رو دارند و باید جلوی کسی را که قصد دارد دنیا را نابود کند، بگیرند.

شرک به جشن هالووینی دعوت می شود که در آن مسابقه ای در جریان است. مسابقه از این قرار است که افراد باید با تعریف داستان های ترسناک یکدیگر را بترسانند. ولی پس از مدت کوتاهی شرک و دوستانش متوجه می شوند که مجبورند شب را در قلعه جن زده «لرد فارکواد» بمانند و تا زمانی که برنده مسابقه تعیین نشده است کسی نمی تواند از قلعه خارج شود…

مگامایند که یک تبهکار نابغه است، بعد از کشتن قهرمان محبوب شهر، کم کم حوصله‌اش سر می رود، زیرا دیگر حریفی برایش باقی نمانده تا با او بجنگد. از این رو تصمیم به ساختن یک قهرمان جدید، بنام تیتان می گیرد. اما تیتان بجای اینکه از قدرتش در راه خیر استفاده کند، کمر به نابود کردن دنیا می بندد و مگامایند مجبور میشود برای اولین بار در عمرش دنیا را نجات دهد.

حیوانات قصد دارند به باغ وحش نیویورک بازگردند، اما با سقوط هواپیما در طبیعت وحشی آفریقا، آن‌ها با حیواناتی از نوع خودشان آشنا میشوند، و الکس والدینش را ملاقات میکند.

چهار حیوان به نامهای «آلکس (شیر)»،«مارتی (گورخر)»،«ملمن (زرافه)» و «گلوریا (اسب آبی)» در قسمت جدید هم در تلاش هستند تا به باغ وحش نیویورک برگردند و در راه برگشت در حالی که از اروپا می گذرند برای اینکه کمتر جلب توجه کنند،‌ به یک سیرک سیار می پیوندند...